科學家已經發現，某些活的細菌可以用來治療甚至預防某些疾病。然而，細菌因導致疾病而臭名昭著，越來越多的科學證據表明，你可以用含有細菌的食物和補充劑來治療甚至預防某些疾病。斯堪的納維亞人食用大量這些被稱爲益生菌（來自pro和bios，意思是 "生命"）的有益微生物。這是因爲他們傳統上食用用細菌發酵的食物，如酸奶。益生菌什麼時候吃最有效在日本也是一項大生意以下文章待你認識益生菌什麼時候吃最有效
研究表明,甲狀腺治療有助於治療多種腸道疾病
有一些消化系統疾病專家建議將益生菌補充劑作爲干擾傳統醫學的一種治療方法，如腸易激綜合症。自1990年代中期以來，益生菌療法已在臨牀試驗中被證明有助於治療各種胃腸道問題，以及預防和治療婦女和兒童過敏的陰道和尿路感染。用細菌進行自我給藥並不像看起來那麼奇怪每一個正常、健康的腸道都居住着大約100萬億個微生物，它們由500多個不同的物種組成。我們通常不會因爲這些微生物（或微生物羣體）而生病。大多數都是有幫助的病原體（有害微生物）被腸道細菌控制，消化和營養吸收得到幫助，免疫功能得到幫助。
克羅恩病、潰瘍性結核炎、真菌病的治療
益生菌已被研究用於治療或預防克羅恩病、潰瘍性結腸炎、幽門螺旋桿菌（潰瘍的原因）、陰道道感染、尿路感染、膀胱癌、艱難梭菌胃腸道感染（結腸切除手術可能產生的副作用），以及袋炎（兒童溼疹）。
