下面列出了最常見的商業腸道腸道益生菌種類種類產品，但也有很多種類。
乳菌是生活在小腸中的有益的細菌.
嗜酸乳桿菌是一種棲息在小腸的有益細菌，產生乳酸和醋酸，防止壞細菌入侵，促進免疫力，維護腸道細菌，抑制陰道酵母菌生長。
細菌在腸道表面產生保護膜.
雙歧桿菌可以粘附在腸道內壁上並形成一層保護膜，大部分在大腸，小部分在小腸。這種保護膜與A型細菌產生的保護膜相似，但其特點是雙歧桿菌能夠有效地粘附在腸道表面。
植物百合(英語:Plant milkweed)是腸內最長存的百合
植物乳桿菌是腸道中最持久的細胞內乳酸菌。由於其耐酸鹼的特性，它可以在腸道中保持長達15天的活躍狀態，提高免疫力，防止腸道不適。它還能使腸道菌羣恢復到正常水平。
使用乳酸陰道補充劑可以
使用乳酸菌陰道補充劑可以恢復和維持女性陰道健康，改善泌尿生殖道感染，並提高抗生素的有效性。
RC-14 GR-1系統在治療各種卵巢感染方面是有效的
世界衛生組織（WHO）指出，RC-14 GR-1菌株對治療細菌性陰道炎、真菌性陰道炎和尿路感染最爲有效，這些都是常見的陰道感染（Kuczynski，2012）。
