科學家們並不確定含有有益細菌的膳食補充劑是否能夠幫助治療疾病。有關這個益生菌幾時食的實驗仍還在不斷進行中需要更多的研究來支持益生菌補充劑對許多實驗的影響。在給孩子服用任何補充劑之前，一定要諮詢孩子的保健醫生。補充劑可能會干擾您可能正在服用的藥物如果你是孕婦或母乳餵養者，在服用補充劑之前要徵求醫生的意見。
有些真菌是脆弱的,需要遠離熱、氧、光
某些類型的益生菌是非常脆弱的，需要避開熱、氧、光和水分。這些元素的存在可能導致益生菌瓦解或死亡。正因爲如此，你可能需要冷藏益生菌或將其保存在一個特定的地方。冷藏的益生菌菌種保證了在你使用時它們仍然是有生命力的，並且仍然提供益生菌的全部益處。確保閱讀你購買的任何益生菌產品的標籤，以確保在有效期內正確儲存和使用。
使用某些藥物或補充劑可能引起過敏反應或輕度胃不舒服、腹瀉或炎症
由於益生菌食品和補充劑含有已經存在於你體內的微生物，它們通常被認爲是安全的。服用這些藥物可能會導致過敏反應或輕微的胃部不適、腹瀉，或在最初幾天出現脹氣（放屁）和腹脹。有些人在使用益生菌補充劑時需要謹慎有些人有感染的風險那些剛做完手術或正在接受化療的人（因此免疫系統較弱）有感染的風險。
