除了加強身體的免疫系統外，益生菌還可以通過食用水果和蔬菜來維持腸道的敵對pH值，從而防止有害細菌建立。這就是爲什麼排便規律和腸道疾病經常被美國益生菌推薦突出的好處。
食物中的有害物質可以在消化道中停留很長一段時間
對便祕不能掉以輕心，如果長期不治療，可能會引起嚴重的身體問題，如結腸癌。食物中的有害物質（如食品添加劑和殺蟲劑）會留在糞便中，直到排出消化道爲止，它們在結腸中停留的時間越長，如果在停留期間再次被人體吸收，就越有可能損害腸道粘膜，引發疾病（220）。即使糞便勉強排出，也可能引起肛裂，因爲很難避免傷到肛門周圍脆弱的粘膜。
抗生素可以改善這種常見的狀況,並維持婦女的陰道健康
它可以加速食物的發酵，減少食物在腸道中停留的時間，併產生抗菌化合物，以抑制有害細菌的增殖並調節其免疫反應。益生菌可以改善便祕這種常見的情況，也可以改善腸易激綜合徵和急性腹瀉，甚至可以維護婦女的陰道健康
